El Gobierno de Chile introdujo, a partir de 1980-1981, la modalidad de fondos concursables como criterio para la asignación de sus propios recursos en las áreas de educación superior y desarrollo científico y tecnológico. Creado en el año 1981, mediante el DFL Nº 33, FONDECYT fue el primero de estos fondos concursables, orientado a mantener la política pública de asignación de recursos para la investigación científica básica sobre la base de concursos públicos y competitivos.

Desde entonces, el Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico ha logrado el reconocimiento de la comunidad científica, llegando a ser uno de los instrumentos de mayor relevancia en el desarrollo científico-tecnológico nacional, gracias al número y calidad de los científicos que han participado, participan y participarán en él, las numerosas innovaciones que ha introducido, el número de proyectos que ha financiado, los estudiantes que ha contribuido a formar, la consistencia y seriedad de sus procedimientos de selección de proyectos, y el impacto significativo que ha tenido en el desarrollo de los estándares de calidad y cantidad de investigación científica-tecnológica nacional.

Evaluaciones nacionales e internacionales realizadas al Programa: BID (1997), DIPRES (1998), IDRC- Canadá (1999), concuerdan en que el desarrollo científico y tecnológico del país, hoy sería impensable sin un instrumento de financiamiento y estímulo a la investigación como FONDECYT.

Actualmente (2010), y gracias a su constante crecimiento, FONDECYT ha alcanzado un presupuesto del orden de los $44.000 millones, los cuales fluyen a través de una oferta diversifícada de Concursos, destinados a satisfacer las necesidades de la comunidad científica nacional.