Gran parte del desarrollo de FONDECYT se debe a la imprescindible participación de la comunidad científica, la que a su vez adquiere una doble dimensión:

a) Como asesora y colaboradora en el proceso de evaluación y seguimiento de los proyectos. Así, cada año y considerando sólo el Concurso Regular, FONDECYT cuenta con la colaboración de 190 personas distribuidas en 25 Grupos de Estudio, las cuales evalúan en primera instancia los proyectos en concurso (aproximadamente 1.100) para analizarlos desde el punto de vista de su elegibilidad según lo establecido en las bases del concurso. Luego, los grupos de estudios designarán a los evaluadores externos (aprox. 3600), tanto nacionales como extranjeros.

A lo anterior hay que agregar los Concursos de Postdoctorado, Incentivo a la Cooperación Internacional y FONDAP (Fondo de Investigaciones Avanzadas en Áreas Prioritarias). En este último participan sólo de evaluadores extranjeros adscritos a las principales instituciones internacionales de investigación científica y tecnologica.

Además de los Grupos de Estudio, existe también un selecto grupo de representantes del mundo académico que colaboran dictando las grandes directrices que guían el accionar de FONDECYT. Este selecto grupo se organiza a través de los Consejos Superiores de Ciencia y Desarrollo Tecnológico.

b) Como usuaria directa, a través de la iniciativa y contribución individual y de grupos de investigadores, patrocinados por diversas instituciones del ámbito privado, público y/o académico, los cuales buscan financiamiento para la realización de sus proyectos y programas de investigación científica y tecnológica.

Esta dimensión incide directamente en desarrollo de la ciencia y tecnología nacional, genera nuevos conocimientos y aplicaciones, contribuye a formar nuevos recursos humanos, especialmente tesistas de pregrado y magister, y otorga valiosas oportunidades laborales para diversos profesionales, técnicos y personas vinculadas al desarrollo de cada proyecto en particular.